脫臭塔的工作原理主要是利用油脂中的小分子臭味有機物在高溫負壓情況下比甘三酯更容易揮發，水蒸氣通過含有臭味的油脂時，水蒸氣被揮發的臭味組分所飽和，并按其分壓的比例逸出，從而達到脫除臭味的目的。對于間歇式脫臭, 通常合理的蒸汽噴 入量一般控制在油量的 5%~8%; 板式脫臭塔蒸汽噴入量為油重的 1.5%~3%; 填料式脫臭塔蒸汽噴入量為油重的 0.5%~1.5%。 

高溫熱油首華益入填料段，與自下而上的汽提蒸汽在填料的表面以薄膜狀逆流接觸，脫除油中的游離脂肪酸、殘存的溶劑以及其它各種低揮發性組分。由于該結構填料的比表面積非常大，而且其傳質是在薄膜狀態下進行的，所以脫臭效果非常好，迅速而徹底。

整個工作過程分兩段進行 :一是脫臭段 ,在高溫高真空下用攪拌蒸汽脫除油中游離脂肪酸和氣味組分。由于油在填料上分布成約 10μm 厚左右的油膜 ,故油滴在整個塔內的壓降僅為 200 Pa ,只需約 50 kPa 直接蒸汽、5 min 即可將脫色油中游離脂肪酸含量從 0. 3 %左右降到 0. 02 %或更低 ,同時徹底脫除脫色油中氣味組分 ,這是脫臭的華益階段 。 二是維持段 ,讓脫臭油在高溫、高真空狀態下停留一段時間 ,使熱敏性色素及過氧化物徹底分解 ,保證油品質量及穩定性。這一階段又稱“脫色段”,在這一階段需 30 min 將脫臭油中熱敏性色素及過氧化物徹底分解 ,因為如果油的色素分解不徹底會影響精煉油品質和穩定性。